Полногеномные подходы к функциональному анализу повторяющихся элементов
Потенциал и основные границы применения гибридизации нуклеиновых кислот. Использование сковородоподобных олигонуклеотидов как гибридизационных проб. Клонирование совпадений: эффективный метод экспериментального выделения общих последовательностей.
| Рубрика | Биология и естествознание |
| Вид | диссертация |
| Язык | русский |
| Дата добавления | 18.11.2018 |
| Размер файла | 4,3 M |
Отправить свою хорошую работу в базу знаний просто. Используйте форму, расположенную ниже
Студенты, аспиранты, молодые ученые, использующие базу знаний в своей учебе и работе, будут вам очень благодарны.
8) Chalaya T., Gogvadze E., Buzdin A., Kovalskaya E., Sverdlov E.D. (2004). Improving specificity of DNA hybridization-based methods. Nucleic Acids Res., 32(16):e130.
9) Buzdin, A., Gogvadze, E., Kovalskaya, E., Volchkov, P., Ustyugova, S., Illarionova, A., Fushan, A., Vinogradova, T., Sverdlov, E. (2003) The human genome contains many types of chimeric retrogenes generated through in vivo RNA recombination. Nucleic Acids Res., 31(15):4385-4390.
10) Buzdin, A., Lebedev, Yu., Sverdlov, E. (2003) Human specific HERV-K LTRs in gene introns have a non-random orientation and, possibly, participate in antisense regulation of the gene expression. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, 29(1):103-106.
11) Buzdin, A., Ustyugova, S., Khodosevich, K., Mamedov, I., Lebedev, Y., Hunsmann, G., Sverdlov, E. (2003) Human-specific subfamilies of HERV-K (HML-2) long terminal repeats: three master genes were active simultaneously during branching of hominoid lineages. Genomics, 81(2):149-156.
12) Buzdin, A., Ustyugova, S., Gogvadze, E., Lebedev, Y., Hunsmann, G., Sverdlov, E. (2003) Genome-wide targeted search for human specific and polymorphic L1 integrations. Human Genetics, 112(5-6):527-533.
13) Buzdin, A., Ustyugova, S., Gogvadze, E., Vinogradova, T., Lebedev, Y., Sverdlov, E. (2002) A new family of chimeric retrotranscripts formed by a full copy of U6 small nuclear RNA fused to the 3' terminus of L1. Genomics, 80(4):402-406.
14) Mamedov, I., Batrak, A., Buzdin, A., Arzumanyan, E., Lebedev, Y., Sverdlov, E. (2002) Genome-wide comparison of differences in the integration sites of interspersed repeats between closely related genomes. Nucleic Acids Res., 30(14):e71.
15) Buzdin, A., Revina, L., Kostina, L., Zalunin, I., Chestukhina, G. (2002) Interaction of 65- and 62-kD proteins from the apical membranes of the Aedes aegypti larvae midgut epithelium with Cry4B and Cry11A endotoxins of Bacillus thuringiensis. Biochemistry (Moscow), 67(5):540-546.
16) Buzdin, A., Khodosevich, K., Mamedov, I., Vinogradova, T., Lebedev, Y., Hunsmann, G., Sverdlov, E. (2002) A technique for genome-wide identification of differences in the interspersed repeats integrations between closely related genomes and its application to detection of human-specific integrations of HERV-K LTRs. Genomics, 79(3):413-422.
17) Krieger, I., Revina, L., Kostina, L., Buzdin, A., Zalunin, I., Chestukhina, G., Stepanov, V. (1999) Membrane proteins of Aedes aegypti larvae bind toxins Cry4B and Cry11A of Bacillus thuringiensis ssp. israelensis. Biochemistry (Moscow), 64(10):1163-1168.
обзорные статьи:
18) A. Buzdin (2007) Human specific endogenous retroviruses. TheScientificWorldJournal, 7: 1848-1868.
19) Buzdin A, Gogvadze E, Lebrun MH. (2007) Chimeric retrogenes suggest a role for the nucleolus in LINE amplification. FEBS Lett., 581(16):2877-82. Epub 2007 May 25.
20) Buzdin, A. (2006) Transposable elements and their use for target site specific gene delivery. Current Pharmacogenomics, March; 4(1): 1-8.
21) Gogvadze, E., Buzdin, A. (2005) New mechanism of retrogene formation in mammalian genomes: in vivo recombination during RNA reverse transcription. Molecular Biology (Moscow), May-Jun;39(3):364-373.
22) Buzdin, A., Vinogradova, T., Lebedev, Y., Sverdlov, E. (2005) Genome-wide experimental identification and functional analysis of human specific retroelements. Cytogenet. Genome Res.;110(1-4):468-474., in the special issue: "Retrotransposable elements and genome evolution"
23) Buzdin, A. (2004) Retroelements and formation of chimeric retrogenes. CMLS, Cell. Mol. Life Sci. 61(16):2046-2059
монографии, главы в книгах:
24) Монография “Nucleic acids hybridization: modern applications”. Редакторы: Anton Buzdin и Sergey Lukyanov, Springer (2007) ISBN 978-1-4020-6039-7.
25) Nucleic acids hybridization: potentials and limitations (Anton Buzdin)
глава в книге “Nucleic acids hybridization: modern applications”. Editors: Anton Buzdin and Sergey Lukyanov, Springer (2007) ISBN 978-1-4020-6039-7.
26) Selective suppression of polymerase chain reaction and its most popular applications (Sergey Lukyanov, Nadezhda Gurskaya, Ekaterina Bogdanova, Anton Buzdin).
глава в книге “Nucleic acids hybridization: modern applications”. Editors: Anton Buzdin and Sergey Lukyanov, Springer (2007) ISBN 978-1-4020-6039-7.
27) Suppression subtractive hybridization (Sergey Lukyanov, Denis Rebrikov, Anton Buzdin).
глава в книге “Nucleic acids hybridization: modern applications”. Editors: Anton Buzdin and Sergey Lukyanov, Springer (2007) ISBN 978-1-4020-6039-7.
28) Stem-loop oligonucleotides as hybridization probes and their practical use in molecular biology and biomedicine (Anton Buzdin, Sergey Lukyanov).
глава в книге “Nucleic acids hybridization: modern applications”. Editors: Anton Buzdin and Sergey Lukyanov, Springer (2007) ISBN 978-1-4020-6039-7.
29) Coincidence cloning: robust technique for isolation of common sequences (Anton Buzdin).
глава в книге “Nucleic acids hybridization: modern applications”. Editors: Anton Buzdin and Sergey Lukyanov, Springer (2007) ISBN 978-1-4020-6039-7.
30) DNA hybridization in solution for mutation detection (Anton Buzdin)
глава в книге “Nucleic acids hybridization: modern applications”. Editors: Anton Buzdin and Sergey Lukyanov, Springer (2007) ISBN 978-1-4020-6039-7.
31) Current attempts to improve the specificity of nucleic acids hybridization (Anton Buzdin).
глава в книге “Nucleic acids hybridization: modern applications”. Editors: Anton Buzdin and Sergey Lukyanov, Springer (2007) ISBN 978-1-4020-6039-7.
Выводы
Разработан метод, названный MDR (англ. Мispaired DNA Rejection), позволяющий значительно повышать специфичность отбора совершенных дуплексов при гибридизации. Метод также применим для поиска эволюционно консервативных последовательностей.
Разработаны новые экспериментальные методы поиска дифференциальных геномных повторов. Первый метод, TGDA (англ. Targeted Genomic Differences Analysis), основан на вычитающей гибридизации геномных последовательностей, а второй, Diffir (англ. Differences in the integration sites of low and medium copy number interspersed repeats technique) - на дифференциальной гибридиазации участков генома на фильтре.
Разработанные подходы были успешно применены для полногеномной идентификации специфичных для генома человека представителей ретроэлементов семейств HERV-K (HML-2) u L1. На основании полученных данных, проведён детальный структурный анализ человек-специфичных ретроэлементов HERV-K (HML-2) u L1. Для человек-специфичных представителей группы HERV-K (HML-2), обладающих общностью гомологии нуклеотидной последовательности, была создана консенсусная последовательность.
Разработан новый экспериментальный методический подход, впервые позволяющий проводить полногеномные исследования промоторной активности геномных повторов как на качественном, так и на количественном уровне. Этот подход, названный GREM (англ. Genomic Repeat Expression Monitor), основан на гибридизации геномных последовательностей, фланкирующих повторы, с 5'-концевыми фрагментами кДНК. Подход был применён для полногеномного исследования промоторной активности человек-специфичных эндогенных ретровирусов HERV-K (HML-2) в нормальной и раковой тканях.
В составе последовательности длинных концевых повторов представителей семейства HERV-K (HML-2) найдена точка начала транскрипции, отличающаяся от канонической для экзогенных ретровирусов. Появление новой точки начала транскрипции может быть связано с адаптивной эволюцией геномов эндогенных ретровирусов.
В интронах двух генов человека - SLC u SLB - выявлены человек-специфичные эндогенные ретровирусы HERV-K (HML-2) , инициирующие транскрипцию антисмысловых РНК, перекрывающихся с последовательностями экзонов этих генов. В системе in vitro показано, что экспрессия этих антисмысловых транскриптов на физиологическом уровне, наблюдаемом для эмбриональных и герминогенных тканей, приводит к 2-3 -кратному снижению концентрации мРНК соответствующих генов. Обнаружены первые два случая человек-специфичной регуляции экспрессии генов.
Было обнаружено новое семейство ретроэлементов, состоящее из химерных последовательностей, образованных при однократной или двукратной смене матрицы в ходе обратной транскрипции. Представители семейства были найдены в геномах млекопитающих и у нитчатого гриба Magnaporthe grisea.
Список цитируемых литературных источников
1. Watson, J. D. & Crick, F. H. (1953) Nature 171, 737-8.
2. Feuchter, A. E., Freeman, J. D. & Mager, D. L. (1992) Genomics 13, 1237-1246.
3. Brown, A. J., Hutchings, C., Burke, J. F. & Mayne, L. V. (1999) Mol Cell Neurosci 13, 119-30.
4. Liang, P. & Pardee, A. B. (1992) Science 257, 967-971.
5. Sagerstrom, C. G., Sun, B. I. & Sive, H. L. (1997) Annu Rev Biochem 66, 751-83.
6. Pardinas, J. R., Combates, N. J., Prouty, S. M., Stenn, K. S. & Parimoo, S. (1998) Anal Biochem 257, 161-8.
7. Yang, G. P., Ross, D. T., Kuang, W. W., Brown, P. O. & Weigel, R. J. (1999) Nucleic Acids Res 27, 1517-23.
8. Martin, K. J. & Pardee, A. B. (2000) Proc Natl Acad Sci U S A 97, 3789-37891.
9. Ermolaeva, O. D. & Sverdlov, E. D. (1996) Genet Anal 13, 49-58.
10. Diatchenko, L., Lau, Y. F., Campbell, A. P., Chenchik, A., Moqadam, F., Huang, B., Lukyanov, S., Lukyanov, K., Gurskaya, N., Sverdlov, E. D. & Siebert, P. D. (1996) Proc Natl Acad Sci USA 93, 6025-6030.
11. Diatchenko, L., Lukyanov, S., Lau, Y. F. & Siebert, P. D. (1999) Methods Enzymol 303, 349-80.
12. Akopyants, N. S., Fradkov, A., Diatchenko, L., Hill, J. E., Siebert, P. D., Lukyanov, S. A., Sverdlov, E. D. & Berg, D. E. (1998) Proc Natl Acad Sci U S A 95, 13108-13.
13. Bogush, M. L., Velikodvorskaya, T. V., Lebedev, Y. B., Nikolaev, L. G., Lukyanov, S. A., Fradkov, A. F., Pliyev, B. K., Boichenko, M. N., Usatova, G. N., Vorobiev, A. A., Andersen, G. L. & Sverdlov, E. D. (1999) Mol Gen Genet 262, 721-9.
14. Bautz, E. K. & Reilly, E. (1966) Science 151, 328-30.
15. Lamar, E. E. & Palmer, E. (1984) Cell 37, 171-7.
16. Cekan, S. Z. (2004) Reprod Biol Endocrinol 2, 68.
17. Ying, S. Y. (2004) Mol Biotechnol 27, 245-52.
18. Buzdin, A., Ustyugova, S., Gogvadze, E., Lebedev, Y., Hunsmann, G. & Sverdlov, E. (2003) Hum Genet 112, 527-33.
19. Buzdin, A., Khodosevich, K., Mamedov, I., Vinogradova, T., Lebedev, Y., Hunsmann, G. & Sverdlov, E. (2002) Genomics 79, 413-22.
20. Nadezhdin, E. V., Vinogradova, T. V. & Sverdlov, E. D. (2001) Dokl Biochem Biophys 381, 415-8.
21. Zeschnigk, M., Horsthemke, B. & Lohmann, D. (1999) Nucleic Acids Res 27, e30.
22. Frohme, M., Camargo, A. A., Czink, C., Matsukuma, A. Y., Simpson, A. J., Hoheisel, J. D. & Verjovski-Almeida, S. (2001) Genome Res 11, 901-3.
23. Kunkel, L. M., Monaco, A. P., Middlesworth, W., Ochs, H. D. & Latt, S. A. (1985) Proc Natl Acad Sci U S A 82, 4778-82.
24. Kavathas, P., Sukhatme, V. P., Herzenberg, L. A. & Parnes, J. R. (1984) Proc Natl Acad Sci U S A 81, 7688-92.
25. Chien, Y., Becker, D. M., Lindsten, T., Okamura, M., Cohen, D. I. & Davis, M. M. (1984) Nature 312, 31-5.
26. Travis, G. H. & Sutcliffe, J. G. (1988) Proc Natl Acad Sci U S A 85, 1696-700.
27. Rubenstein, J. L., Brice, A. E., Ciaranello, R. D., Denney, D., Porteus, M. H. & Usdin, T. B. (1990) Nucleic Acids Res 18, 4833-42.
28. Kuze, K., Shimizu, A. & Honjo, T. (1989) Nucleic Acids Res 17, 807.
29. Palazzolo, M. J. & Meyerowitz, E. M. (1987) Gene 52, 197-206.
30. Welcher, A. A., Torres, A. R. & Ward, D. C. (1986) Nucleic Acids Res 14, 10027-44.
31. Sharma, P., Lonneborg, A. & Stougaard, P. (1993) Biotechniques 15, 610, 612.
32. Lopez-Fernandez, L. A. & del Mazo, J. (1993) Biotechniques 15, 654-6, 658-9.
33. Hara, E., Kato, T., Nakada, S., Sekiya, S. & Oda, K. (1991) Nucleic Acids Res 19, 7097-104.
34. Hla, T. & Maciag, T. (1990) Biochem Biophys Res Commun 167, 637-43.
35. Timblin, C., Battey, J. & Kuehl, W. M. (1990) Nucleic Acids Res 18, 1587-93.
36. Wang, Z. & Brown, D. D. (1991) Proc Natl Acad Sci U S A 88, 11505-9.
37. Herfort, M. R. & Garber, A. T. (1991) Biotechniques 11, 598, 600, 602-4.
38. Cook, D. & Sequeira, L. (1991) Mol Gen Genet 227, 401-10.
39. Cruz-Reyes, J. A. & Ackers, J. P. (1992) Arch Med Res 23, 271-5.
40. Clapp, J. P., McKee, R. A., Allen-Williams, L., Hopley, J. G. & Slater, R. J. (1993) Insect Mol Biol 1, 133-8.
41. Wieland, I., Bolger, G., Asouline, G. & Wigler, M. (1990) Proc Natl Acad Sci U S A 87, 2720-4.
42. Ermolaeva, O. D., Lukyanov, S. A. & Sverdlov, E. D. (1996) Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol 4, 52-8.
43. Sverdlov, E. D. & Ermolaeva, O. D. (1994) Bioorg Khim 20, 506-14.
44. Cho, T. J. & Park, S. S. (1998) Nucleic Acids Res 26, 1440-8.
45. Milner, J. J., Cecchini, E. & Dominy, P. J. (1995) Nucleic Acids Res 23, 176-87.
46. Kohne, D. E., Levison, S. A. & Byers, M. J. (1977) Biochemistry 16, 5329-41.
47. Laman, A. G., Kurjukov, S. G., Bulgakova, E. V., Anikeeva, N. N. & Brovko, F. A. (2001) J Biochem Biophys Methods 50, 43-52.
48. Barr, F. G. & Emanuel, B. S. (1990) Anal Biochem 186, 369-73.
49. Venter, J. C., Adams, M. D., Myers, E. W., Li, P. W., Mural, R. J., Sutton, G. G., Smith, H. O., Yandell, M., Evans, C. A., Holt, R. A., Gocayne, J. D., Amanatides, P., Ballew, R. M., Huson, D. H., Wortman, J. R., Zhang, Q., Kodira, C. D., Zheng, X. H., Chen, L., Skupski, M., Subramanian, G., Thomas, P. D., Zhang, J., Gabor Miklos, G. L., Nelson, C., Broder, S., Clark, A. G., Nadeau, J., McKusick, V. A., Zinder, N., Levine, A. J., Roberts, R. J., Simon, M., Slayman, C., Hunkapiller, M., Bolanos, R., Delcher, A., Dew, I., Fasulo, D., Flanigan, M., Florea, L., Halpern, A., Hannenhalli, S., Kravitz, S., Levy, S., Mobarry, C., Reinert, K., Remington, K., Abu-Threideh, J., Beasley, E., Biddick, K., Bonazzi, V., Brandon, R., Cargill, M., Chandramouliswaran, I., Charlab, R., Chaturvedi, K., Deng, Z., Di Francesco, V., Dunn, P., Eilbeck, K., Evangelista, C., Gabrielian, A. E., Gan, W., Ge, W., Gong, F., Gu, Z., Guan, P., Heiman, T. J., Higgins, M. E., Ji, R. R., Ke, Z., Ketchum, K. A., Lai, Z., Lei, Y., Li, Z., Li, J., Liang, Y., Lin, X., Lu, F., Merkulov, G. V., Milshina, N., Moore, H. M., Naik, A. K., Narayan, V. A., Neelam, B., Nusskern, D., Rusch, D. B., Salzberg, S., Shao, W., Shue, B., Sun, J., Wang, Z., Wang, A., Wang, X., Wang, J., Wei, M., Wides, R., Xiao, C., Yan, C., et al. (2001) Science 291, 1304-51.
50. Lander, E. S., Linton, L. M., Birren, B., Nusbaum, C., Zody, M. C., Baldwin, J., Devon, K., Dewar, K., Doyle, M., FitzHugh, W., Funke, R., Gage, D., Harris, K., Heaford, A., Howland, J., Kann, L., Lehoczky, J., LeVine, R., McEwan, P., McKernan, K., Meldrim, J., Mesirov, J. P., Miranda, C., Morris, W., Naylor, J., Raymond, C., Rosetti, M., Santos, R., Sheridan, A., Sougnez, C., Stange-Thomann, N., Stojanovic, N., Subramanian, A., Wyman, D., Rogers, J., Sulston, J., Ainscough, R., Beck, S., Bentley, D., Burton, J., Clee, C., Carter, N., Coulson, A., Deadman, R., Deloukas, P., Dunham, A., Dunham, I., Durbin, R., French, L., Grafham, D., Gregory, S., Hubbard, T., Humphray, S., Hunt, A., Jones, M., Lloyd, C., McMurray, A., Matthews, L., Mercer, S., Milne, S., Mullikin, J. C., Mungall, A., Plumb, R., Ross, M., Shownkeen, R., Sims, S., Waterston, R. H., Wilson, R. K., Hillier, L. W., McPherson, J. D., Marra, M. A., Mardis, E. R., Fulton, L. A., Chinwalla, A. T., Pepin, K. H., Gish, W. R., Chissoe, S. L., Wendl, M. C., Delehaunty, K. D., Miner, T. L., Delehaunty, A., Kramer, J. B., Cook, L. L., Fulton, R. S., Johnson, D. L., Minx, P. J., Clifton, S. W., Hawkins, T., Branscomb, E., Predki, P., Richardson, P., Wenning, S., Slezak, T., Doggett, N., Cheng, J. F., Olsen, A., Lucas, S., Elkin, C., Uberbacher, E., Frazier, M., et al. (2001) Nature 409, 860-921.
51. Rubin, C. M., Leeflang, E. P., Rinehart, F. P. & Schmid, C. W. (1993) Genomics 18, 322-8.
52. Sverdlov, E. D. (1993) Mol Gen Mikrobiol Virusol, 3-12.
53. Sverdlov, E. D. & Ermolaeva, O. D. (1993) Bioorg Khim 19, 1081-8.
54. Lisitsyn, N. & Wigler, M. (1993) Science 259, 946-51.
55. Schutte, M., da Costa, L. T., Hahn, S. A., Moskaluk, C., Hoque, A. T., Rozenblum, E., Weinstein, C. L., Bittner, M., Meltzer, P. S., Trent, J. M. & et al. (1995) Proc Natl Acad Sci U S A 92, 5950-4.
56. Lisitsyn, N. & Wigler, M. (1995) Methods Enzymol., 291-304.
57. Lisitsyn, N. A., Lisitsina, N. M., Dalbagni, G., Barker, P., Sanchez, C. A., Gnarra, J., Linehan, W. M., Reid, B. J. & Wigler, M. H. (1995) Proc Natl Acad Sci U S A 92, 151-5.
58. Lisitsyn, N. A., Leach, F. S., Vogelstein, B. & Wigler, M. H. (1994) Cold Spring Harb Symp Quant Biol 59, 585-7.
59. Ayyanathan, K., Francis, V. S., Datta, S. & Padmanaban, G. (1995) Mol Cell Probes 9, 239-46.
60. Drew, A. C. & Brindley, P. J. (1995) Mol Biochem Parasitol 71, 173-81.
61. Ermolaeva, O. D. & Wagner, M. C. (1995) Comput Appl Biosci 11, 457-62.
62. Sallie, R. (1995) Med Hypotheses 45, 142-6.
63. Chen, H., Pulido, J. C. & Duyk, G. M. (1995) Genomics 25, 1-8.
64. Long, M., de Souza, S. J., Rosenberg, C. & Gilbert, W. (1996) Proc Natl Acad Sci U S A 93, 7727-31.
65. Sasaki, H., Nomura, S., Akiyama, N., Takahashi, A., Sugimura, T., Oishi, M. & Terada, M. (1994) Cancer Res 54, 5821-3.
66. Jin, H., Cheng, X., Diatchenko, L., Siebert, P. D. & Huang, C. C. (1997) Biotechniques 23, 1084-6.
67. Bonaldo, M. F., Lennon, G. & Soares, M. B. (1996) Genome Res 6, 791-806.
68. Rebrikov, D. V., Britanova, O. V., Gurskaya, N. G., Lukyanov, K. A., Tarabykin, V. S. & Lukyanov, S. A. (2000) Nucleic Acids Res 28, E90.
69. Carulli, J. P., Artinger, M., Swain, P. M., Root, C. D., Chee, L., Tulig, C., Guerin, J., Osborne, M., Stein, G., Lian, J. & Lomedico, P. T. (1998) J Cell Biochem Suppl 31, 286-96.
70. Ying, S. Y. & Lin, S. (1999) Biotechniques 26, 966-8, 970-2, 979 passim.
71. Kuvbachieva, A. A. & Goffinet, A. M. (2002) BMC Mol Biol 3, 6.
72. Ganova-Raeva, L., Zhang, X., Cao, F., Fields, H. & Khudyakov, Y. (2006) Nucleic Acids Res 34, e76.
73. Devon, R. S. & Brookes, A. J. (1996) Mol Biotechnol 5, 243-52.
74. Azhikina, T., Gainetdinov, I., Skvortsova, Y. & Sverdlov, E. (2006) Mol Genet Genomics 275, 615-22.
75. Azhikina, T. L. & Sverdlov, E. D. (2005) Biochemistry (Mosc) 70, 596-603.
76. Azhikina, T., Gainetdinov, I., Skvortsova, Y., Batrak, A., Dmitrieva, N. & Sverdlov, E. (2004) Mol Genet Genomics 271, 22-32.
77. Chalaya, T., Gogvadze, E., Buzdin, A., Kovalskaya, E. & Sverdlov, E. D. (2004) Nucleic Acids Res 32, e130.
78. Buzdin, A., Kovalskaya-Alexandrova, E., Gogvadze, E. & Sverdlov, E. (2006) Nucleic Acids Res 34, e67.
79. Launer, G. A., Lukyanov, K. A., Tarabykin, V. S. & Lukyanov, S. A. (1994) Mol Gen Mikrobiol Virusol, 38-41.
80. Siebert, P. D., Chenchik, A., Kellogg, D. E., Lukyanov, K. A. & Lukyanov, S. A. (1995) Nucleic Acids Res 23, 1087-8.
81. Chenchik, A., Diachenko, L., Moqadam, F., Tarabykin, V., Lukyanov, S. & Siebert, P. D. (1996) Biotechniques 21, 526-534.
82. Lukyanov, K., Diatchenko, L., Chenchik, A., Nanisetti, A., Siebert, P., Usman, N., Matz, M. & Lukyanov, S. (1997) Biochem Biophys Res Commun 230, 285-8.
83. Matz, M., Usman, N., Shagin, D., Bogdanova, E. & Lukyanov, S. (1997) Nucleic Acids Res 25, 2541-2.
84. Lukyanov, K. A., Matz, M. V., Bogdanova, E. A., Gurskaya, N. G. & Lukyanov, S. A. (1996) Nucleic Acids Res 24, 2194-5.
85. Gurskaya, N. G., Diatchenko, L., Chenchik, A., Siebert, P. D., Khaspekov, G. L., Lukyanov, K. A., Vagner, L. L., Ermolaeva, O. D., Lukyanov, S. A. & Sverdlov, E. D. (1996) Anal Biochem 240, 90-7.
86. Luk'ianov, K. A., Gurskaia, N. G., Bogdanova, E. A. & Luk'ianov, S. A. (1999) Bioorg Khim 25, 163-70.
87. Frohman, M. A., Dush, M. K. & Martin, G. R. (1988) Proc Natl Acad Sci U S A 85, 8998-9002.
88. Edwards, J. B., Delort, J. & Mallet, J. (1991) Nucleic Acids Res 19, 5227-32.
89. Liu, X. & Gorovsky, M. A. (1993) Nucleic Acids Res 21, 4954-60.
90. Akowitz, A. & Manuelidis, L. (1989) Gene 81, 295-306.
91. Bogdanova, E., Matz, M., Tarabykin, V., Usman, N., Shagin, D., Zaraisky, A. & Lukyanov, S. (1998) Dev Biol 194, 172-81.
92. Kazanskaya, O. V., Severtzova, E. A., Barth, K. A., Ermakova, G. V., Lukyanov, S. A., Benyumov, A. O., Pannese, M., Boncinelli, E., Wilson, S. W. & Zaraisky, A. G. (1997) Gene 200, 25-34.
93. Bogdanova, E. A., Matts, M. V., Tarabykin, V. S., Usman, N. & Luk'ianov, S. A. (1997) Ontogenez 28, 132-7.
94. Ivanova, N. B. & Belyavsky, A. V. (1995) Nucleic Acids Res 23, 2954-8.
95. Broude, N. E., Chandra, A. & Smith, C. L. (1997) Proc Natl Acad Sci U S A 94, 4548-53.
96. Broude, N. E., Storm, N., Malpel, S., Graber, J. H., Lukyanov, S., Sverdlov, E. & Smith, C. L. (1999) Genet Anal 15, 51-63.
97. Lavrentieva, I., Broude, N. E., Lebedev, Y., Gottesman, II, Lukyanov, S. A., Smith, C. L. & Sverdlov, E. D. (1999) FEBS Lett 443, 341-7.
98. Vinogradova, T., Leppik, L., Kalinina, E., Zhulidov, P., Grzeschik, K. H. & Sverdlov, E. (2002) Mol Genet Genomics 266, 796-805.
99. Vos, P., Hogers, R., Bleeker, M., Reijans, M., van de Lee, T., Hornes, M., Frijters, A., Pot, J., Peleman, J., Kuiper, M. & et al. (1995) Nucleic Acids Res 23, 4407-14.
100. Donohue, P. J., Hsu, D. K. & Winkles, J. A. (1997) Methods Mol Biol 85, 25-35.
101. Weising, K., Atkinson, R. G. & Gardner, R. C. (1995) PCR Methods Appl 4, 249-55.
102. Badge, R. M., Alisch, R. S. & Moran, J. V. (2003) Am J Hum Genet 72, 823-38.
103. Zhang, Z. & DuBois, R. N. (2001) Oncogene 20, 4450-6.
104. von Stein, O. D., Thies, W. G. & Hofmann, M. (1997) Nucleic Acids Res 25, 2598-602.
105. Chu, Z. L., McKinsey, T. A., Liu, L., Gentry, J. J., Malim, M. H. & Ballard, D. W. (1997) Proc Natl Acad Sci U S A 94, 10057-62.
106. Hudson, C., Clements, D., Friday, R. V., Stott, D. & Woodland, H. R. (1997) Cell 91, 397-405.
107. Mueller, C. G., Rissoan, M. C., Salinas, B., Ait-Yahia, S., Ravel, O., Bridon, J. M., Briere, F., Lebecque, S. & Liu, Y. J. (1997) J Exp Med 186, 655-63.
108. Yokomizo, T., Izumi, T., Chang, K., Takuwa, Y. & Shimizu, T. (1997) Nature 387, 620-4.
109. Schaefer, B. C. (1995) Anal Biochem 227, 255-73.
110. Johansson, M. & Karlsson, A. (1996) Proc Natl Acad Sci U S A 93, 7258-62.
111. Rosenberg, H. F. & Dyer, K. D. (1996) Nucleic Acids Res 24, 3507-13.
112. Takenoshita, S., Hagiwara, K., Nagashima, M., Gemma, A., Bennett, W. P. & Harris, C. C. (1996) Genomics 36, 341-4.
113. Chong, S. S., Pack, S. D., Roschke, A. V., Tanigami, A., Carrozzo, R., Smith, A. C., Dobyns, W. B. & Ledbetter, D. H. (1997) Hum Mol Genet 6, 147-55.
114. Morii, E., Jippo, T., Tsujimura, T., Hashimoto, K., Kim, D. K., Lee, Y. M., Ogihara, H., Tsujino, K., Kim, H. M. & Kitamura, Y. (1997) Blood 90, 3057-66.
115. Wade, D. P., Puckey, L. H., Knight, B. L., Acquati, F., Mihalich, A. & Taramelli, R. (1997) J Biol Chem 272, 30387-99.
116. Luk'ianov, K. A. & Luk'ianov, S. A. (1997) Bioorg Khim 23, 882-7.
117. Fradkov, A. F., Lukyanov, K. A., Matz, M. V., Diatchenko, L. B., Siebert, P. D. & Lukyanov, S. A. (1998) Anal Biochem 258, 138-41.
118. Edwards, M. C. & Gibbs, R. A. (1994) PCR Methods Appl 3, S65-75.
119. Shuber, A. P., Grondin, V. J. & Klinger, K. W. (1995) Genome Res 5, 488-93.
120. Henegariu, O., Heerema, N. A., Dlouhy, S. R., Vance, G. H. & Vogt, P. H. (1997) Biotechniques 23, 504-11.
121. Brownie, J., Shawcross, S., Theaker, J., Whitcombe, D., Ferrie, R., Newton, C. & Little, S. (1997) Nucleic Acids Res 25, 3235-41.
122. Broude, N. E. (2002) Trends Biotechnol 20, 249-56.
123. Fan, J. B., Chen, X., Halushka, M. K., Berno, A., Huang, X., Ryder, T., Lipshutz, R. J., Lockhart, D. J. & Chakravarti, A. (2000) Genome Res 10, 853-60.
124. Broude, N. E., Woodward, K., Cavallo, R., Cantor, C. R. & Englert, D. (2001) Nucleic Acids Res 29, E92.
125. Cech, T. R. (1993) Biochem Soc Trans 21, 229-34.
126. Sinden, R. R., Potaman, V. N., Oussatcheva, E. A., Pearson, C. E., Lyubchenko, Y. L. & Shlyakhtenko, L. S. (2002) J Biosci 27, 53-65.
127. Pearson, C. E. & Sinden, R. R. (1998) Curr Opin Struct Biol 8, 321-30.
128. Varani, G. (1995) Annu Rev Biophys Biomol Struct 24, 379-404.
129. Meins, F., Jr., Si-Ammour, A. & Blevins, T. (2005) Annu Rev Cell Dev Biol 21, 297-318.
130. Santangelo, P., Nitin, N. & Bao, G. (2006) Ann Biomed Eng 34, 39-50.
131. Goel, G., Kumar, A., Puniya, A. K., Chen, W. & Singh, K. (2005) J Appl Microbiol 99, 435-42.
132. Drake, T. J. & Tan, W. (2004) Appl Spectrosc 58, 269A-280A.
133. Tsourkas, A. & Bao, G. (2003) Brief Funct Genomic Proteomic 1, 372-84.
134. Fang, X., Mi, Y., Li, J. J., Beck, T., Schuster, S. & Tan, W. (2002) Cell Biochem Biophys 37, 71-81.
135. Bonnet, G., Tyagi, S., Libchaber, A. & Kramer, F. R. (1999) Proc Natl Acad Sci U S A 96, 6171-6.
136. Bonnet, G., Krichevsky, O. & Libchaber, A. (1998) Proc Natl Acad Sci U S A 95, 8602-6.
137. Roberts, R. W. & Crothers, D. M. (1991) Proc Natl Acad Sci U S A 88, 9397-401.
138. Riccelli, P. V., Merante, F., Leung, K. T., Bortolin, S., Zastawny, R. L., Janeczko, R. & Benight, A. S. (2001) Nucleic Acids Res 29, 996-1004.
139. Yesilkaya, H., Meacci, F., Niemann, S., Hillemann, D., Rusch-Gerdes, S., Barer, M. R., Andrew, P. W. & Oggioni, M. R. (2006) J Clin Microbiol 44, 3826-9.
140. Tyagi, S. & Kramer, F. R. (1996) Nat Biotechnol 14, 303-8.
141. Kostrikis, L. G., Tyagi, S., Mhlanga, M. M., Ho, D. D. & Kramer, F. R. (1998) Science 279, 1228-9.
142. Stryer, L. (1978) Annu Rev Biochem 47, 819-46.
143. Johnson, A. E. (2005) Traffic 6, 1078-92.
144. Kim, H., Kane, M. D., Kim, S., Dominguez, W., Applegate, B. M. & Savikhin, S. (2006) Biosens Bioelectron.
145. Baker, E. S., Hong, J. W., Gaylord, B. S., Bazan, G. C. & Bowers, M. T. (2006) J Am Chem Soc 128, 8484-92.
146. Wahlroos, R., Toivonen, J., Tirri, M. & Hanninen, P. (2006) J Fluoresc 16, 379-86.
147. Okamura, Y. & Watanabe, Y. (2006) Methods Mol Biol 335, 43-56.
148. Piatek, A. S., Tyagi, S., Pol, A. C., Telenti, A., Miller, L. P., Kramer, F. R. & Alland, D. (1998) Nat Biotechnol 16, 359-63.
149. Marras, S. A., Kramer, F. R. & Tyagi, S. (1999) Genet Anal 14, 151-6.
150. Tyagi, S., Bratu, D. P. & Kramer, F. R. (1998) Nat Biotechnol 16, 49-53.
151. Vet, J. A., Majithia, A. R., Marras, S. A., Tyagi, S., Dube, S., Poiesz, B. J. & Kramer, F. R. (1999) Proc Natl Acad Sci U S A 96, 6394-9.
152. Steemers, F. J., Ferguson, J. A. & Walt, D. R. (2000) Nat Biotechnol 18, 91-4.
153. Liu, X. & Tan, W. (1999) Anal Chem 71, 5054-9.
154. Liu, X., Farmerie, W., Schuster, S. & Tan, W. (2000) Anal Biochem 283, 56-63.
155. Sokol, D. L., Zhang, X., Lu, P. & Gewirtz, A. M. (1998) Proc Natl Acad Sci U S A 95, 11538-43.
156. Gore, H. M., Wakeman, C. A., Hull, R. M. & McKillip, J. L. (2003) Biochem Biophys Res Commun 311, 386-90.
157. Henry, K. M., Jiang, J., Rozmajzl, P. J., Azad, A. F., Macaluso, K. R. & Richards, A. L. (2006) Mol Cell Probes.
158. Patel, J. R., Bhagwat, A. A., Sanglay, G. C. & Solomon, M. B. (2006) Food Microbiol 23, 39-46.
159. Dubertret, B., Calame, M. & Libchaber, A. J. (2001) Nat Biotechnol 19, 365-70.
160. Stoermer, R. L. & Keating, C. D. (2006) J Am Chem Soc 128, 13243-54.
161. Tyagi, S., Marras, S. A. & Kramer, F. R. (2000) Nat Biotechnol 18, 1191-6.
162. Gubala, A. J. & Proll, D. F. (2006) Appl Environ Microbiol 72, 6424-8.
163. Balashov, S. V., Park, S. & Perlin, D. S. (2006) Antimicrob Agents Chemother 50, 2058-63.
164. Sinsimer, D., Leekha, S., Park, S., Marras, S. A., Koreen, L., Willey, B., Naidich, S., Musser, K. A. & Kreiswirth, B. N. (2005) J Clin Microbiol 43, 4585-91.
165. Whitcombe, D., Theaker, J., Guy, S. P., Brown, T. & Little, S. (1999) Nat Biotechnol 17, 804-7.
166. Thelwell, N., Millington, S., Solinas, A., Booth, J. & Brown, T. (2000) Nucleic Acids Res 28, 3752-61.
167. Todd, A. V., Fuery, C. J., Impey, H. L., Applegate, T. L. & Haughton, M. A. (2000) Clin Chem 46, 625-30.
168. Stojanovic, M. N., de Prada, P. & Landry, D. W. (2001) Chembiochem 2, 411-5.
169. Chang, I. H., Tulock, J. J., Liu, J., Kim, W. S., Cannon, D. M., Jr., Lu, Y., Bohn, P. W., Sweedler, J. V. & Cropek, D. M. (2005) Environ Sci Technol 39, 3756-61.
170. Liu, J. & Lu, Y. (2006) Methods Mol Biol 335, 275-88.
171. Seo, Y. J., Jeong, H. S., Bang, E. K., Hwang, G. T., Jung, J. H., Jang, S. K. & Kim, B. H. (2006) Bioconjug Chem 17, 1151-5.
172. Hacia, J. G. (1999) Nat Genet 21, 42-7.
173. Zhao, X., Nampalli, S., Serino, A. J. & Kumar, S. (2001) Nucleic Acids Res 29, 955-9.
174. Ortiz, E., Estrada, G. & Lizardi, P. M. (1998) Mol Cell Probes 12, 219-26.
175. Wang, H., Xing, J., Grover, D., Hedges, D. J., Han, K., Walker, J. A. & Batzer, M. A. (2005) J Mol Biol 354, 994-1007.
176. Du, H., Strohsahl, C. M., Camera, J., Miller, B. L. & Krauss, T. D. (2005) J Am Chem Soc 127, 7932-40.
177. Vicens, M. C., Sen, A., Vanderlaan, A., Drake, T. J. & Tan, W. (2005) Chembiochem 6, 900-7.
178. Nelson, D. L., Ledbetter, S. A., Corbo, L., Victoria, M. F., Ramirez-Solis, R., Webster, T. D., Ledbetter, D. H. & Caskey, C. T. (1989) Proc Natl Acad Sci U S A 86, 6686-90.
179. Aslanidis, C. & de Jong, P. J. (1991) Proc Natl Acad Sci U S A 88, 6765-9.
180. Sambrook, J. & Russell, D. W. (2001) Molecular Cloning: A practical Manual. (CSHL Press, Cold Spring Harbour).
181. Lovett, M., Kere, J. & Hinton, L. M. (1991) Proc Natl Acad Sci U S A 88, 9628-32.
182. Parimoo, S., Patanjali, S. R., Shukla, H., Chaplin, D. D. & Weissman, S. M. (1991) Proc Natl Acad Sci U S A 88, 9623-7.
183. Brookes, A. J., Slorach, E. M., Morrison, K. E., Qureshi, S. J., Blake, D., Davies, K. & Porteous, D. J. (1994) Hum Mol Genet 3, 2011-7.
184. Luk'ianov, S. A., Gurskaia, N. G., Luk'ianov, K. A., Tarabykin, V. S. & Sverdlov, E. D. (1994) Bioorg Khim 20, 701-4.
185. Buzdin, A., Kovalskaya-Alexandrova, E., Gogvadze, E. & Sverdlov, E. (2006) J Virol 80, 10752-62.
186. Qiu, P., Soder, G. J., Sanfiorenzo, V. J., Wang, L., Greene, J. R., Fritz, M. A. & Cai, X. Y. (2003) Biochem Biophys Res Commun 309, 331-8.
187. Guo, D. C., Qi, Y., He, R., Gupta, P. & Milewicz, D. M. (2003) Biotechnol Lett 25, 1703-7.
188. Cotton, R. G. (1999) Genet Anal 14, 165-8.
189. Taylor, G. R. (1999) Electrophoresis 20, 1125-30.
190. Cotton, R. G., Rodrigues, N. R. & Campbell, R. D. (1988) Proc Natl Acad Sci U S A 85, 4397-401.
191. Roberts, E., Deeble, V. J., Woods, C. G. & Taylor, G. R. (1997) Nucleic Acids Res 25, 3377-8.
192. Rowley, G., Saad, S., Giannelli, F. & Green, P. M. (1995) Genomics 30, 574-82.
193. Bui, C. T., Lambrinakos, A., Babon, J. J. & Cotton, R. G. (2003) BMC Chem Biol 3, 1.
194. Lambrinakos, A., Yakubovskaya, M., Babon, J. J., Neschastnova, A. A., Vishnevskaya, Y. V., Belitsky, G. A., D'Cunha, G., Horaitis, O. & Cotton, R. G. (2004) Hum Mutat 23, 186-92.
195. Deeble, V. J., Roberts, E., Robinson, M. D., Woods, C. G., Bishop, D. T. & Taylor, G. R. (1997) Genet Test 1, 253-9.
196. Yeung, A. T., Hattangadi, D., Blakesley, L. & Nicolas, E. (2005) Biotechniques 38, 749-58.
197. Sun, H., Yabuki, A. & Maizels, N. (2001) Proc Natl Acad Sci U S A 98, 12444-9.
198. Mashal, R. D., Koontz, J. & Sklar, J. (1995) Nat Genet 9, 177-83.
199. Birkenkamp, K. & Kemper, B. (1995) DNA Res 2, 9-14.
200. Youil, R., Kemper, B. W. & Cotton, R. G. (1995) Proc Natl Acad Sci U S A 92, 87-91.
201. Kosak, H. G. & Kemper, B. W. (1990) Eur J Biochem 194, 779-84.
202. Surdi, G. A., Yaar, R. & Smith, C. L. (1999) Genet Anal 14, 177-9.
203. Inganas, M., Byding, S., Eckersten, A., Eriksson, S., Hultman, T., Jorsback, A., Lofman, E., Sabounchi, F., Kressner, U., Lindmark, G. & Tooke, N. (2000) Clin Chem 46, 1562-73.
204. Golz, S., Birkenkamp-Demtroder, K. & Kemper, B. (1998) Nucleic Acids Res 26, 1132-3.
205. Del Tito, B. J., Jr., Poff, H. E., 3rd, Novotny, M. A., Cartledge, D. M., Walker, R. I., 2nd, Earl, C. D. & Bailey, A. L. (1998) Clin Chem 44, 731-9.
206. Smith, M. J., Humphrey, K. E., Cappai, R., Beyreuther, K., Masters, C. L. & Cotton, R. G. (2000) Mol Diagn 5, 67-73.
207. Schmalzing, D., Belenky, A., Novotny, M. A., Koutny, L., Salas-Solano, O., El-Difrawy, S., Adourian, A., Matsudaira, P. & Ehrlich, D. (2000) Nucleic Acids Res 28, E43.
208. Shi, R., Otomo, K., Yamada, H., Tatsumi, T. & Sugawara, I. (2006) Microbes Infect 8, 128-35.
209. Oleykowski, C. A., Bronson Mullins, C. R., Godwin, A. K. & Yeung, A. T. (1998) Nucleic Acids Res 26, 4597-602.
210. Qiu, P., Shandilya, H., D'Alessio, J. M., O'Connor, K., Durocher, J. & Gerard, G. F. (2004) Biotechniques 36, 702-7.
211. Mitani, N., Tanaka, S. & Okamoto, Y. (2006) Clin Lab 52, 385-6.
212. Sokurenko, E. V., Tchesnokova, V., Yeung, A. T., Oleykowski, C. A., Trintchina, E., Hughes, K. T., Rashid, R. A., Brint, J. M., Moseley, S. L. & Lory, S. (2001) Nucleic Acids Res 29, E111.
213. Comai, L., Young, K., Till, B. J., Reynolds, S. H., Greene, E. A., Codomo, C. A., Enns, L. C., Johnson, J. E., Burtner, C., Odden, A. R. & Henikoff, S. (2004) Plant J 37, 778-86.
214. Ford, M. E. & Whitcomb, D. C. (1999) Mol Diagn 4, 211-8.
215. Bannwarth, S., Procaccio, V. & Paquis-Flucklinger, V. (2005) Hum Mutat 25, 575-82.
216. Youil, R., Toner, T. J., Bull, E., Bailey, A. L., Earl, C. D., Dietz, H. C. & Montgomery, R. A. (2000) Hum Mutat 16, 92-3.
217. Shi, C., Eshleman, S. H., Jones, D., Fukushima, N., Hua, L., Parker, A. R., Yeo, C. J., Hruban, R. H., Goggins, M. G. & Eshleman, J. R. (2004) Nat Methods 1, 141-7.
218. Qiu, P., Shandilya, H. & Gerard, G. F. (2005) Mol Biotechnol 29, 11-8.
219. Fuhrmann, M., Oertel, W., Berthold, P. & Hegemann, P. (2005) Nucleic Acids Res 33, e58.
220. Huang, J., Kirk, B., Favis, R., Soussi, T., Paty, P., Cao, W. & Barany, F. (2002) Oncogene 21, 1909-21.
221. Goldrick, M. M. (2001) Hum Mutat 18, 190-204.
222. Till, B. J., Burtner, C., Comai, L. & Henikoff, S. (2004) Nucleic Acids Res 32, 2632-41.
223. Che, Y. & Chen, X. (2004) Anal Biochem 329, 220-9.
224. Zhu, D., Xing, D., Shen, X. & Liu, J. (2004) Biochem Biophys Res Commun 324, 964-9.
225. Shagin, D. A., Rebrikov, D. V., Kozhemyako, V. B., Altshuler, I. M., Shcheglov, A. S., Zhulidov, P. A., Bogdanova, E. A., Staroverov, D. B., Rasskazov, V. A. & Lukyanov, S. (2002) Genome Res 12, 1935-42.
226. Lloyd, A., Plaisier, C. L., Carroll, D. & Drews, G. N. (2005) Proc Natl Acad Sci U S A 102, 2232-7.
227. Nakatsukasa, T., Shiraishi, Y., Negi, S., Imanishi, M., Futaki, S. & Sugiura, Y. (2005) Biochem Biophys Res Commun 330, 247-52.
228. Fiammengo, R. & Jaschke, A. (2005) Curr Opin Biotechnol 16, 614-21.
229. Parsons, B. L., McKinzie, P. B. & Heflich, R. H. (2005) Methods Mol Biol 291, 235-45.
230. Gale, J. M. & Tafoya, G. B. (2004) Photochem Photobiol 79, 461-9.
231. Shively, L., Chang, L., LeBon, J. M., Liu, Q., Riggs, A. D. & Singer-Sam, J. (2003) Biotechniques 34, 498-502, 504.
232. Easterday, W. R., Van Ert, M. N., Zanecki, S. & Keim, P. (2005) Biotechniques 38, 731-5.
233. Diebold, R., Bartelt-Kirbach, B., Evans, D. G., Kaufmann, D. & Hanemann, C. O. (2005) J Mol Diagn 7, 97-104.
234. Baum, L., Ng, A. & Leung, W. K. (2005) Mol Cell Probes 19, 163-8.
235. Behrensdorf, H. A., Pignot, M., Windhab, N. & Kappel, A. (2002) Nucleic Acids Res 30, e64.
236. Bi, L. J., Zhou, Y. F., Zhang, X. E., Deng, J. Y., Zhang, Z. P., Xie, B. & Zhang, C. G. (2003) Anal Chem 75, 4113-9.
237. Su, X., Robelek, R., Wu, Y., Wang, G. & Knoll, W. (2004) Anal Chem 76, 489-94.
238. Golz, S. & Kemper, B. (1999) Nucleic Acids Res 27, e7.
239. O'Donnell, K. A., Tighe, O., O'Neill, C., Naughten, E., Mayne, P. D., McCarthy, T. V., Vaughan, P. & Croke, D. T. (2001) Hum Mutat 17, 432.
240. Vaughan, P. & McCarthy, T. V. (1999) Genet Anal 14, 169-75.
241. Vaughan, P. & McCarthy, T. V. (1998) Nucleic Acids Res 26, 810-5.
242. Li, J., Chu, X., Liu, Y., Jiang, J. H., He, Z., Zhang, Z., Shen, G. & Yu, R. Q. (2005) Nucleic Acids Res 33, e168.
243. Bocker, S. (2003) Bioinformatics 19 Suppl 1, i44-53.
244. Maruyama, T., Takata, T., Ichinose, H., Park, L. C., Kamaiya, N. & Goto, M. (2003) Biotechnol Lett 25, 1637-41.
245. Maekawa, M., Nagaoka, T., Taniguchi, T., Higashi, H., Sugimura, H., Sugano, K., Yonekawa, H., Satoh, T., Horii, T., Shirai, N., Takeshita, A. & Kanno, T. (2004) Clin Chem 50, 1322-7.
246. Gupta, V., Arora, R., Ranjan, A., Bairwa, N. K., Malhotra, D. K., Udhayasuriyan, P. T., Saha, A. & Bamezai, R. (2005) Methods Mol Biol 291, 247-61.
247. Maitra, A., Cohen, Y., Gillespie, S. E., Mambo, E., Fukushima, N., Hoque, M. O., Shah, N., Goggins, M., Califano, J., Sidransky, D. & Chakravarti, A. (2004) Genome Res 14, 812-9.
248. Patolsky, F., Lichtenstein, A. & Willner, I. (2001) Nat Biotechnol 19, 253-7.
249. Nagayama, K., Enomoto, N., Miyasaka, Y., Kurosaki, M., Chen, C. H., Sakamoto, N., Nakagawa, M., Sato, C., Tazawa, J., Ikeda, T., Izumi, N. & Watanabe, M. (2001) Am J Gastroenterol 96, 2211-7.
250. Hames, B. D. & Higgins, S. J. (1985) (IRL Press, Oxford, Washington DC).
251. Buzdin, A., Ustyugova, S., Khodosevich, K., Mamedov, I., Lebedev, Y., Hunsmann, G. & Sverdlov, E. (2003) Genomics 81, 149-56.
252. Mamedov, I. Z., Arzumanyan, E. S., Amosova, A. L., Lebedev, Y. B. & Sverdlov, E. D. (2005) Nucleic Acids Res 33, e16.
253. Buzdin, A., Gogvadze, E., Kovalskaya, E., Volchkov, P., Ustyugova, S., Illarionova, A., Fushan, A., Vinogradova, T. & Sverdlov, E. (2003) Nucleic Acids Res 31, 4385-90.
254. Buzdin, A. A., Lebedev Iu, B. & Sverdlov, E. D. (2003) Bioorg. Khim. 29, 103-106.
255. Lisitsyn, N. A., Segre, J. A., Kusumi, K., Lisitsyn, N. M., Nadeau, J. H., Frankel, W. N., Wigler, M. H. & Lander, E. S. (1994) Nat Genet 6, 57-63.
256. Mouritzen, P., Nielsen, A. T., Pfundheller, H. M., Choleva, Y., Kongsbak, L. & Moller, S. (2003) Expert Rev Mol Diagn 3, 27-38.
257. Matz, M., Shagin, D., Bogdanova, E., Britanova, O., Lukyanov, S., Diatchenko, L. & Chenchik, A. (1999) Nucleic Acids Res 27, 1558-1560.
258. Lavrentieva, I., Khil, P., Vinogradova, T., Akhmedov, A., Lapuk, A., Shakhova, O., Lebedev, Y., Monastyrskaya, G. & Sverdlov, E. D. (1998) Hum Genet 102, 107-116.
259. Lebedev, Y., Belonovich, O., Zybrova, N., Khil, P., Kurdyukov, S., Vinogradova, T., Hunsmann, G. & Sverdlov, E. (2000) Gene 247, 265-277.
260. Mamedov, I., Batrak, A., Buzdin, A., Arzumanyan, E., Lebedev, Y. & Sverdlov, E. D. (2002) Nucleic Acids Res 30, e71.
261. Medstrand, P. & Mager, D. L. (1998) J Virol 72, 9782-9787.
262. Barbulescu, M., Turner, G., Seaman, M. I., Deinard, A. S., Kidd, K. K. & Lenz, J. (1999) Curr Biol 9, 861-868.
263. Turner, G., Barbulescu, M., Su, M., Jensen-Seaman, M. I., Kidd, K. K. & Lenz, J. (2001) Curr Biol 11, 1531-5.
264. Sverdlov, E. D. (2000) Bioessays 22, 161-171.
265. Mamedov, I., Lebedev, Y., Hunsmann, G., Khusnutdinova, E. & Sverdlov, E. (2004) Genomics 84, 596-9.
266. Domansky, A. N., Kopantzev, E. P., Snezhkov, E. V., Lebedev, Y. B., Leib-Mosch, C. & Sverdlov, E. D. (2000) FEBS Lett 472, 191-195.
267. Domanskii, A. N., Akopov, S. B., Lebedev Iu, B., Nikolaev, L. G. & Sverdlov, E. D. (2002) Bioorg Khim 28, 341-5.
268. Ruda, V. M., Akopov, S. B., Trubetskoy, D. O., Manuylov, N. L., Vetchinova, A. S., Zavalova, L. L., Nikolaev, L. G. & Sverdlov, E. D. (2004) Virus Res 104, 11-6.
269. Kazazian, H. H., Jr. (2000) Science 289, 1152-1153.
270. Smit, A. F., Toth, G., Riggs, A. D. & Jurka, J. (1995) J Mol Biol 246, 401-417.
271. Mills, R. E., Bennett, E. A., Iskow, R. C., Luttig, C. T., Tsui, C., Pittard, W. S. & Devine, S. E. (2006) Am J Hum Genet 78, 671-9.
272. Boissinot, S., Chevret, P. & Furano, A. V. (2000) Mol Biol Evol 17, 915-28.
273. Boissinot, S., Entezam, A., Young, L., Munson, P. J. & Furano, A. V. (2004) Genome Res 14, 1221-31.
274. Ovchinnikov, I., Troxel, A. B. & Swergold, G. D. (2001) Genome Res 11, 2050-8.
275. Pickeral, O. K., Makalowski, W., Boguski, M. S. & Boeke, J. D. (2000) Genome Res 10, 411-5.
276. Goodier, J. L., Ostertag, E. M. & Kazazian, H. H., Jr. (2000) Hum Mol Genet 9, 653-7.
277. Jurka, J. (1998) Curr Opin Struct Biol 8, 333-7.
278. Jurka, J. (1997) Proc Natl Acad Sci U S A 94, 1872-7.
279. Smit, A. F. (1999) Curr Opin Genet Dev 9, 657-663.
280. Wei, W., Gilbert, N., Ooi, S. L., Lawler, J. F., Ostertag, E. M., Kazazian, H. H., Boeke, J. D. & Moran, J. V. (2001) Mol Cell Biol 21, 1429-39.
281. Hohjoh, H. & Singer, M. F. (1996) Embo J 15, 630-9.
282. Gogvadze, E. V., Buzdin, A. A. & Sverdlov, E. D. (2005) Bioorg Khim 31, 82-9.
283. Buzdin, A., Ustyugova, S., Gogvadze, E., Vinogradova, T., Lebedev, Y. & Sverdlov, E. (2002) Genomics 80, 402-6.
284. Gogvadze, E. V. & Buzdin, A. A. (2005) Mol Biol (Mosk) 39, 364-73.
285. Gogvadze, E., Barbisan, C., Lebrun, M. H. & Buzdin, A. (2007) BMC Genomics 8, 360.
286. Temin, H. M. (1993) Proc Natl Acad Sci U S A 90, 6900-6903.
287. Kandel, E. S. & Nudler, E. (2002) Mol Cell 10, 1495-502.
288. Swanstrom, R., Parker, R. C., Varmus, H. E. & Bishop, J. M. (1983) Proc Natl Acad Sci U S A 80, 2519-23.
289. Jamain, S., Girondot, M., Leroy, P., Clergue, M., Quach, H., Fellous, M. & Bourgeron, T. (2001) Genomics 78, 38-45.
290. Nishihara, H., Smit, A. F. & Okada, N. (2006) Genome Res 16, 864-74.
291. Hayward, B. E., Zavanelli, M. & Furano, A. V. (1997) Genetics 146, 641-54.
292. Furano, A. V. (2000) Prog Nucleic Acid Res Mol Biol 64, 255-94.
293. Bibillo, A. & Eickbush, T. H. (2004) J Biol Chem 279, 14945-53.
294. Gilbert, N., Lutz, S., Morrish, T. A. & Moran, J. V. (2005) Mol Cell Biol 25, 7780-95.
295. Babushok, D. V., Ostertag, E. M., Courtney, C. E., Choi, J. M. & Kazazian, H. H., Jr. (2006) Genome Res 16, 240-50.
296. Fudal, I., Bohnert, H. U., Tharreau, D. & Lebrun, M. H. (2005) Fungal Genet Biol 42, 761-72.
297. Verheggen, C., Lafontaine, D. L., Samarsky, D., Mouaikel, J., Blanchard, J. M., Bordonne, R. & Bertrand, E. (2002) Embo J 21, 2736-45.
298. Ganot, P., Jady, B. E., Bortolin, M. L., Darzacq, X. & Kiss, T. (1999) Mol Cell Biol 19, 6906-17.
299. Chen, Y., Sinha, K., Perumal, K., Gu, J. & Reddy, R. (1998) J Biol Chem 273, 35023-31.
300. Goodier, J. L., Ostertag, E. M., Engleka, K. A., Seleme, M. C. & Kazazian, H. H., Jr. (2004) Hum Mol Genet 13, 1041-8.
301. Piskareva, O. & Schmatchenko, V. (2006) FEBS Lett 580, 661-8.
302. Belancio, V. P., Hedges, D. J. & Deininger, P. (2006) Nucleic Acids Res 34, 1512-21.
303. Hiscox, J. A. (2002) Arch Virol 147, 1077-89.
304. Gabus, C., Ivanyi-Nagy, R., Depollier, J., Bucheton, A., Pelisson, A. & Darlix, J. L. (2006) Nucleic Acids Res 34, 5764-77.
305. Onafuwa-Nuga, A. A., King, S. R. & Telesnitsky, A. (2005) J Virol 79, 13528-37.
306. Giles, K. E., Caputi, M. & Beemon, K. L. (2004) Rna 10, 299-307.
307. Bohnert, H. U., Fudal, I., Dioh, W., Tharreau, D., Notteghem, J. L. & Lebrun, M. H. (2004) Plant Cell 16, 2499-513.
308. Dean, R. A., Talbot, N. J., Ebbole, D. J., Farman, M. L., Mitchell, T. K., Orbach, M. J., Thon, M., Kulkarni, R., Xu, J. R., Pan, H., Read, N. D., Lee, Y. H., Carbone, I., Brown, D., Oh, Y. Y., Donofrio, N., Jeong, J. S., Soanes, D. M., Djonovic, S., Kolomiets, E., Rehmeyer, C., Li, W., Harding, M., Kim, S., Lebrun, M. H., Bohnert, H., Coughlan, S., Butler, J., Calvo, S., Ma, L. J., Nicol, R., Purcell, S., Nusbaum, C., Galagan, J. E. & Birren, B. W. (2005) Nature 434, 980-6.
309. Kachroo, P., Leong, S. A. & Chattoo, B. B. (1995) Proc Natl Acad Sci U S A 92, 11125-9.
310. Daboussi, M. J. & Capy, P. (2003) Annu Rev Microbiol 57, 275-99.
311. Nishimura, M., Hayashi, N., Jwa, N. S., Lau, G. W., Hamer, J. E. & Hasebe, A. (2000) Mol Plant Microbe Interact 13, 892-4.
312. Buzdin, A., Gogvadze, E. & Lebrun, M. H. (2007) FEBS Lett 581, 2877-82.
313. Weiner, A. M., Deininger, P. L. & Efstratiadis, A. (1986) Annu Rev Biochem 55, 631-61.
314. Consortium, M. G. S. (2002) Nature 420, 520-62.
315. Buzdin, A. A. (2004) Cell Mol Life Sci 61, 2046-59.
316. Kidwell, M. G. & Lisch, D. (1997) Proc Natl Acad Sci USA 94, 7704-7711.
317. van de Lagemaat, L. N., Landry, J. R., Mager, D. L. & Medstrand, P. (2003) Trends Genet 19, 530-6.
318. Kovalskaya, E., Buzdin, A., Gogvadze, E., Vinogradova, T. & Sverdlov, E. (2006) Virology 346, 373-8.
319. Jasinska, A. & Krzyzosiak, W. J. (2004) FEBS Lett 567, 136-41.
320. Kazazian, H. H., Jr. (2004) Science 303, 1626-32.
321. Matz, M. V. & Lukyanov, S. A. (1998) Nucleic Acids Res 26, 5537-5543.
322. Velculescu, V. E., Vogelstein, B. & Kinzler, K. W. (2000) Trends Genet 16, 423-5.
323. Vinogradova, T. V., Leppik, L. P., Nikolaev, L. G., Akopov, S. B., Kleiman, A. M., Senyuta, N. B. & Sverdlov, E. D. (2001) Virology 290, 83-90.
324. Belshaw, R., Dawson, A. L., Woolven-Allen, J., Redding, J., Burt, A. & Tristem, M. (2005) J Virol 79, 12507-14.
325. Dewannieux, M., Blaise, S. & Heidmann, T. (2005) J Virol 79, 15573-7.
326. Mayer, J., Stuhr, T., Reus, K., Maldener, E., Kitova, M., Asmus, F. & Meese, E. (2005) J Mol Evol 61, 706-15.
327. Frank, O., Giehl, M., Zheng, C., Hehlmann, R., Leib-Mosch, C. & Seifarth, W. (2005) J Virol 79, 10890-901.
328. Hughes, J. F. & Coffin, J. M. (2004) Proc Natl Acad Sci U S A 101, 1668-72.
329. Weiner, A. M. (2002) Curr Opin Cell Biol 14, 343-50.
330. Esnault, C., Maestre, J. & Heidmann, T. (2000) Nat Genet 24, 363-7.
331. Lavie, L., Maldener, E., Brouha, B., Meese, E. U. & Mayer, J. (2004) Genome Res 14, 2253-60.
332. Speek, M. (2001) Mol Cell Biol 21, 1973-85.
333. Rakoff-Nahoum, S., Barbour, J. D., Lenz, J., Steinfeld, A. D. & Nixon, D. F. (2006) AIDS Res Hum Retroviruses 22, 52-6.
334. Herbst, H., Sauter, M., Kuhler-Obbarius, C., Loning, T. & Mueller -Lantzsch, N. (1998) Apmis 106, 216-220.
335. Thompson, J. D., Higgins, D. G. & Gibson, T. J. (1994) Nucleic Acids Res 22, 4673-4680.
336. Felsenstein, J. (1993) in distributed by the author. Department of Genetics, University of Washington, Seattle.
Благодарности
Автор выражает огромную признательность всем своим коллегам и учителям, так или иначе участвовавшим в данной работе, а в особенности: Е.Д.Свердлову за общее руководство и мудрые советы, И.А.Залунину и В.М.Степанову за первые уроки экспериментальной работы и эталонное отношение к научному процессу, Ю.Б.Лебедеву за методическую подготовку и чрезвычайно важные практические рекомендации, Е.В.Гогвадзе за вдумчивую и аккуратную экспериментальную работу, интересные и плодотворные идеи, Е.А.Ковальской-Александровой за титанический объём проделанной работы и желание идти до конца, преодолевая постоянно возникавшие сложности.
Я благодарю С.В.Устюгову и К.В.Ходосевича за совместную работу по применению метода TGDA для поиска интеграций эндогенных ретровирусов и LINE, И.З. Мамедова за разработку метода Diffir и за участие в разработке метода TGDA, Н.В.Скапцову и В.К.Потапова за синтез более 1000 олигонуклеотидов (!), Е.А.Стукачёву за работу с клеточными культурами при анализе человек-специфичных антисмысловых транскриптов, Т.В.Чалую за помощь при создании метода MDR, а также М.-А. Лебрана и К.Барбизан (Лион, Франция) за совместный анализ химерных ретроэлементов гриба Magnaporthe grisea.
Написание этой работы было бы абсолютно невозможно без постоянной поддержки моей семьи, друзей и без помощи со стороны моего нынешнего исследовательского коллектива, давшего мне достаточно времени для написания и обдумывания диссертации (творчески подходя к делу и самостоятельно решая большинство проблем) - Гогвадзе Е.В., Чаплиной М.А., Орловой Н.В., Сахаровой Т.А. и Гилярова Д.А.
Огромное спасибо всем сотрудникам ЛСФГЧ и ГМБС ИБХ РАН за помощь в делах, за советы, вопросы, за творческую, радостную и, вместе с тем, рабочую атмосферу. Спасибо Е.Д.Свердлову, Г.С.Монастырской и М.И.Шахпаронову за поддержку по многим вопросам.
Отдельно хотелось бы поблагодарить организации-грантодатели за поддержание оптимизма и хорошего настроения при проведении работы: РФФИ, Президиум РАН, Совет по грантам при Президенте РФ, INTAS, FEBS, EMBO.
Размещено на Allbest.ru
Подобные документы
Особенности применения метода ядерного магнитного резонанса (ЯМР) для исследования нуклеиновых кислот, полисахаридов и липидов. Исследование методом ЯМР комплексов нуклеиновых кислот с протеинами и биологических мембран. Состав и структура полисахаридов.
курсовая работа [3,5 M], добавлен 26.08.2009Методы обнаружения нуклеотидных замен в геномной ДНК. Обнаружение мутации в геномной ДНК при помощи блот-гибридизации с помощью меченых олигонуклеотидов в качестве гибридизационных зондов. Исследование фрагментов ДНК при полимеразной цепной реакции.
учебное пособие [2,5 M], добавлен 11.08.2009Нуклеотиды как мономеры нуклеиновых кислот, их функции в клетке и методы исследования. Азотистые основания, не входящие в состав нуклеиновых кислот. Строение и формы дезоксирибонуклеиновых кислот (ДНК). Виды и функции рибонуклеиновых кислот (РНК).
презентация [2,4 M], добавлен 14.04.2014Сведения о нуклеиновых кислотах, история их открытия и распространение в природе. Строение нуклеиновых кислот, номенклатура нуклеотидов. Функции нуклеиновых кислот (дезоксирибонуклеиновая - ДНК, рибонуклеиновая - РНК). Первичная и вторичная структура ДНК.
реферат [1,8 M], добавлен 26.11.2014Основные виды нуклеиновых кислот. Строение и особенности их строения. Значение нуклеиновых кислот для всех живых организмов. Синтез белков в клетке. Хранение, перенос и передача по наследству информации о структуре белковых молекул. Строение ДНК.
презентация [628,3 K], добавлен 19.12.2014История изучения нуклеиновых кислот. Состав, структура и свойства дезоксирибонуклеиновой кислоты. Представление о гене и генетическом коде. Изучение мутаций и их последствий в отношении организма. Обнаружение нуклеиновых кислот в растительных клетках.
контрольная работа [23,2 K], добавлен 18.03.2012Механизм действия и модификация антисмысловых олигонуклеотидов. Физико-химические аспекты взаимодействия олигонуклеотида и РНК-мишени. Буферные растворы, использовавшиеся в работе. Электрофорез нуклеиновых кислот. Проведение полимеразной цепной реакции.
курсовая работа [1,3 M], добавлен 18.01.2013Распад нуклеиновых кислот, гидролиз. Классификация нуклеаз по месту и специфичности действия. Экзодезоксирибонуклеазы, рестриктазы. гуанилрибонуклеазы. Распад пуриновых и пиримидиновых оснований. Образование 5-фосфорибозиламина, присоединение глицина.
презентация [8,7 M], добавлен 13.10.2013История изучения нуклеиновых кислот как биополимеров, мономерами которых являются нуклеотиды, функции и значение в жизнедеятельности организма. Правила Чаргаффа. Первичная и вторичная структура ДНК. Особенности репликации у эукариот, ее разновидности.
презентация [533,6 K], добавлен 05.11.2014Объекты, полученные в результате клонирования. Метод "переноса ядра" как наиболее успешный из методов клонирования высших животных. Получение стволовых клеток, генетически совместимых с донорским организмом. Репродуктивное клонирование человека.
презентация [657,4 K], добавлен 21.04.2013
